Nach Kriegsbeginn im September 1939 kamen die meisten für das KZ Buchenwald bestimmten Häftlingstransporte auf dem Güterbahnhof an. Die Deportierten, die aus dem ganzen besetzten Europa stammten, mussten die letzten acht Kilometer bis zum KZ meist zu Fuß über die Ettersburger Straße zurücklegen. Der französische Widerstandskämpfer Floréal Barrier erinnert sich an "Konvois entkräfteter Menschen, die, ihre Toten zurücklassend und umstellt von SS-Leuten mit Hunden, gezwungen waren, diese ,Blutstraße', häufig zu Fuß, zu erklimmen, bevor sie sich hilflos in dieser Umwallung aus elektrisch geladenem Stacheldraht wiederfanden, dieser Hölle".

Am 16. Oktober 1942 wurden 405 jüdische Buchenwald- Häftlinge in Güterwagen der Deutschen Reichsbahn nach Auschwitz deportiert. Es ist davon auszugehen, dass der Güterbahnhof auch Ausgangspunkt der Vernichtungstransporte war, die das KZ 1944 verließen. Nach dem Bau der Buchenwald- Bahn im Frühjahr 1943 erhielt das KZ einen eigenen Bahnhof; die Züge mussten jedoch weiter in Weimar umrangiert werden.

Viehauktionshalle

Anfang Mai 1942 diente die Halle neben dem Güterbahnhof, die 1937 für Viehauktionen gebaut worden war, als Sammelort für Thüringer Juden vor ihrer Deportation. Die Überlebende Laura Hillman, geb. Hannelore Wolff, erinnert sich, wie die Menschen in der Halle brutal auf Wertsachen hin durchsucht, beraubt und verprügelt wurden. Nach stundenlangem Warten führte der Transport über Leipzig in das Ghetto Belzyce bei Lublin/Ostpolen. Von dort aus wurden die meisten der etwa 1.000 Deportierten aus Thüringen und Sachsen in das Konzentrations- und Vernichtungslager Majdanek verschleppt und in Gaskammern erstickt. Laura Hillman, die bei ihrer Deportation 18 Jahre alt war, überlebte die Lager Krasnik, Budzyn, Plaszow, Auschwitz-Birkenau und Brünnlitz, wo sie für Oskar Schindler arbeitete.